Beast Wars Second рассказывает о новых героях, действие разворачивается спустя много лет на постапокалиптической Земле, ныне известной как планета Гайя. Кибертронцы во главе с Лио Конвоем отправляются на планету, чтобы разобраться в необычных изменениях, происходящих с ней, и тем самым помешать Дестронам во главе с Гальваатроном, стремящимся поглотить её богатые
Недалёкое будущее. Однажды в доме семьи Нацумэ появляется потерявшая память Нуку-Нуку. Теперь она живёт под именем Ацуко Хигути. Добрая, заботливая и к тому же великолепно готовящая, Ацуко быстро завоёвывает симпатию 14-летнего Рюносукэ.
Но вскоре в городе Манэки начинают происходить загадочные события: экспериментальные машины выходят из-под контроля, над улицами с рёвом проносятся боевые самолёты, а город один за другим сотрясают разрушительные происшествия. И каждый раз очевидцы замечают на месте таинственную девушку.
На протяжении веков магический и человеческий миры жили в мире друг с другом, хотя физически были разделены магическими вратами. Но когда могущественные магические сферы украдены и падают на Землю, король магии посылает Босса, бойца, Лайма, мастера-трансформера, и Пуги, мастера-морфера, чтобы вернуть их. У троицы не так много времени, и она должна вернуть сферы, которые при контакте с миром людей поглощают негативные эмоции предметов домашнего обихода и превращаются в бэмов, пучеглазых монстров!
Трагическая автокатастрофа оборвала жизнь Кирары Асаи в день её свадьбы. Непостижимым образом она становится призраком и переносится на восемь лет назад. Тогда она ещё не была влюблена в своего мужа Тикахиру Асая. Теперь у неё появилась возможность изменить события и помочь самой себе в прошлом.
Фильм начинается с космической битвы между космическими пиратами Сиконами и кибертронскими братьями Джойнтрон. Оба объединяются, образуя Бога Нептуна и Трипледака соответственно, и борются друг с другом. Они вовлекаются в ожесточенный бой, пока таинственный космический корабль не уносит их обоих все глубже в космос. Вернувшись на базу Кибертрона, один из воинов Кибертрона, Апач, сообщает кибертронцам, что к планете Гея приближается объект. Дестроны тоже заметили космический корабль. Гальватрон и его брат Гигасторм обсуждают это, и Гальватрон решает, что корабль - это положительный знак, и он принесет удачу.
В 22 веке больше нет войн по всему миру. Вместо этого по всей Земле вспыхивают мелкие войны. Тем временем появляется большой робот, который защищает слабых. Его называют "Танцующая нова". Некоторые даже называют его Богом. Однако никто не знает причины его существования - даже его пилоты. Затем другой робот, вопреки чьим-либо ожиданиям, проявляет себя как истинный враг и начинает свою атаку на Землю. Данкугар Нова наносит ответный удар по этому врагу с помощью силы, которая до сих пор держалась в секрете. Сможет ли Данкугар Нова спасти Землю? Звучит прелюдия к этой взрывоопасной конфронтации.
Когда японское правительство ставит гражданские организации во главе военно-воздушных сил страны, некоторые из этих компаний решают посадить своих начинающих кумиров за штурвал своих истребителей. Среди этих групп айдол-певцов - Колибри, команда из пяти женщин, состоящая из сестер Торэиси: Сацуки Торэиси, Удзуки Торэиси, Яей, Канны и Мины. Во время записи видеорежиссер Сюнсаку Кудо видит некоторый потенциал в этих девушках и вмешивается, чтобы помочь им достичь вершин чартов, сняв их дебютное видео.
Страдающий от серьезной потери памяти после несчастного случая в возрасте шести лет, Тошиаки обретает новую надежду и новую тайну, когда его навещает девушка из его собственного будущего.